根据《国家税务总局关于房地产开发公司土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)规定，从2007年2月1日起，税务机关对符合条件的纳税人开展土地增值税清算工作。笔者结合工作实践，就土地增值税清算过程中应注意的事项归纳如下：

一、印花税扣除常见错误做法：

在计算扣除额时，将印花税作为“与转让房地产有关的税金”进行扣除，造成了印花税的重复扣除。

【正确做法】：印花税应列入公司的管理费用进行扣除，不再计入“与转让房地产有关的税金”中扣除。

【政策解析】：《财政部国家税务总局关于土地增值税-些具体问题规定的通知》(财税[1995]48号)规定：“细则中规定允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发公司按照《施工、房地产开发公司财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，已对应予以扣除。”

二、评估费用扣除常见错误做法：

将评估费用一律计入扣除项目。

正确做法：视纳税人是否隐瞒、虚报房地产成交价格等隋形而决定是否予以扣除。

政策解析：《财政部国家税务总局关于土地增值税部分具体问题规定的通知》规定：“纳税人转让旧房及建筑物时因计算纳税的需要而对房地产进行评估，其支付的评估费用允许在计算增值额时予以扣除，对条例第九条规定的纳税人隐瞒、虚报房地产成交价格等情形而按房地产评估价格计算征收土地增值税所发生的评估费用，不允许在计算土地增值税时予以扣除。”

三、利息支出扣除常见错误做法：

将利息支出一律计入扣除项目。

【正确做法】：视情况确定，分在规定范围内据实扣除和在10%以内计算扣除两种情况。

【政策解析】：政策解析：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定，利息支出要分两种情况扣除。凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，利息支出不得单独计算，而应并入房地产开发费用中一并计算扣除。在这种情况下，房地产开发费用按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本之和的10%以内计算扣除，具体比例由省、自治区、直辖市人民政府规定。

四、代收费用扣除常见错误做法：

将代收费用一律计入扣除项目予以扣除，在加计20%扣除时，未从计算的基数中剔除。