工资超过5000开始扣税。个人所得税指的是调整征税机关与自然人即居民、非居民之间在个人所得税的征纳与管理的过程当中，所发生的社会关系的法律规范的总称。应纳个人所得税税额为应纳税所得额乘上适用税率再减去速算扣除数。2018年新个税法案通过，10月1日起，个税起征点已经调整为为5000。

农民工工资5000以上怎么扣税

农民工工资也是按照个人所得税法的要求缴税，即工资超过5000以上需缴纳个人所得税，可以由单位的扣缴义务人代为扣税，其中养老支出、子女教育等、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金费用是可以作为抵扣税务的项目。

《个人所得税管理办法》第十一条扣缴义务人申报的纳税资料，税务机关应严格审查核实。对《扣缴个人所得税报告表》和《支付个人收入明细表》没有按每一个人逐栏逐项填写的，或者填写内容不全的，主管税务机关应要求扣缴义务人重新填报。已实行信息化管理的，可以将《支付个人收入明细表》并入《扣缴个人所得税报告表》。

《扣缴个人所得税报告表》填写实际缴纳了个人所得税的纳税人的情况；《支付个人收入明细表》填写支付了应税收入，但未达到纳税标准的纳税人的情况。