建设项目业主为了融资，往往将尚未建成或正在建设的建筑物抵押给银行，以获得银行贷款，这就是在建工程的抵押。工程款优先和抵押贷款抵押是这一新法律制度对银行资金运作的最大影响。一旦发包人不能及时偿还贷款，银行要求实现抵押权，发包人也拖欠承包人的建设工程款。此时，银行的抵押权与建设工程价款优先权并存、冲突。首先，在建工程抵押权与建设工程优先受偿权的客体是同一客体。如上所述，在建工程抵押权是我行以在建工程及其附属土地使用权为抵押物，为取得贷款而享有的权利。权利的客体是在建工程。建设工程款优先受偿权的客体也是工程。发包人不偿还承包人的工程款时，承包人可以通过协商、向法院申请拍卖工程款等方式取得工程款；其次，在建工程抵押权的主体不同于工程款优先受偿权的主体，导致主体利益冲突。在建工程抵押权保护的主体是贷款人的利益和贷款人的管理权；建设工程资金优先受偿权的主体是承包人及其劳动者的生存权。在同一标的物中，有两种性质不同的权利：经营权和生存权，在建工程抵押权和建设资金优先受偿权不能并存，导致了经营权与生存权的冲突。第三，两种权利的时间不一致。在建工程抵押属于一般抵押。债务人不履行合同约定的义务的，债权人可以行使权利。锻炼时间没有太多限制。债务人不履行债务的，债权人可以通过折价、拍卖等方式随时变更在建工程价款。承包人要求优先受偿的时间，必须符合下列条件：一是发包人未按约定支付价款；二是承包人催告发包人在合理期限内支付价款；三是发包人未在期限内支付价款。发包人不支付价款的，承包人不得立即折价或者拍卖，但应当催告发包人在合理期限内支付价款。逾期不付款的，可以折价或者拍卖。债务人不履行债务处分在建工程时，在建工程的抵押权人行使抵押权的，承包人对建设工程款的优先受偿权可能因其权利标的消灭而不能行使。

由于工程价款优先权制度的建立和正式实施，我行在建工程抵押权排名第二。债务人只有优先清偿承包人的工程价款，才能先于一般债权等到清偿完毕，这给抵押权人尤其是银行带来了巨大的风险，这也是人民法院需要平衡银行与承包人之间利益冲突的两难境地利益相关者。