公司清算纠纷在一般情况下，应该向公司住所地的人民法院提起诉讼。公司住所地是指公司主要办事机构所在地。公司办事机构所在地不明确的，由其注册地人民法院管辖。基层人民法院管辖县、县级市或者区的公司登记机关核准登记公司清算案件；中级人民法院管辖地区、地级市以上的公司登记机关核准登记公司清算案件。

公司清算程序中执行案件应否终结

根据我国《企业破产法》的相关规定，公司如果已经进入了破产清算程序，那么执行程序应当中止，而不是终结。

《中华人民共和国企业破产法》

第十九条人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。

第二十条人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十六条

因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。