转让风险

根据《中华人民共和国土地管理法》，农民集体所有的土地使用权不得转让、转让、出租用于非农建设。但是，农村宅基地属于集体所有，村民只有宅基地使用权。农民向城镇居民出售房屋的交易行为不受法律的承认和保护，不能办理土地使用证、房产证、契税证明等法定手续，可见，农村产权房不能转让、出售给非集体成员的第三人。但这并不是说农村产权房不能转让，而是购买后不能合法转让。同时，对住宅的保值增值也有很大的影响。

法律风险

由于农村产权房只具有普通商品房的使用性质，不具备普通商品房的法律性质，农村产权房的流转和转让受到诸多限制。其实，它们不是商品房。因此，商品房法律法规的有关规定和制度对农村产权房无效，人民法院不能适用商品房销售法律规定和司法解释办理涉及农村产权房的案件，所以很难维护买家的权益。同时，由于小产权房购房合同无效，根据法律规定，购房人只能要求开发商返还购房款并按同期银行贷款利率支付利息。但根据现有案件，买受人明知该房屋为农村产权房仍购买的，因自身过错，人民法院可能不予支持其赔偿请求。即使开发商违约，买方的权利也不会因为合同无效而得到保障。由于农村产权房不受法律承认，不需要在房管部门备案，也不受政府机构监管，在房屋使用过程中，如果出现一些房屋质量问题和公共设施维护问题，救济渠道非常有限。

政策风险

购房者与开发商签订合同并支付房价后，如果有关部门对农村产权房建设项目进行整改，部分项目可能会暂停甚至被迫拆除。所以结果就是购房者只能向开发商索要购房款，而购房者可能会面临无法获得房子的尴尬局面，同时也无法及时索要购房款。

另外，购房后国家征地拆迁，由于农村产权房不具备国家承认的合法产权，买受人不是合法产权人，所以他很可能拿不到产权的拆迁补偿，而作为实际使用人的拆迁补偿与产权补偿相比是非常小的。