（一）小产权房无产权保障，不具有房屋所有、转让、处分、收益等权利，且不能办理房屋产权过户手续。

（二）小产权房并没有国家的产权证书，只有乡政府或村委会给的产权证，不能像大产权的房子一样抵押、流转。如果小产权房遇到国家征地或拆迁，小产权房的购房人的利益将很难保证。双方签署的小产权房购房合同也不是法律认可的正式购房合同，如果小产权房的房产出现纠纷，缺少法律支持。

（三）购买小产权房无法办理贷款，只能一次性或分期付款，这样无形中会加大购房人的资金压力，增加购房风险。

一、遇到小产权房屋买卖纠纷怎么处理

当事人可以通过和解或者调解解决合同争议。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。涉外合同的当事人可以根据仲裁协议向中国仲裁机构或者其他仲裁机构申请仲裁。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。当事人应当履行发生法律效力的判决、仲裁裁决、调解书；拒不履行的，对方可以请求人民法院执行。

二、小产权房的分类

1、针对发展商的产权而言，将发展商的产权叫大产权，购房人的产权叫小产权，这种叫法是因为购房人的产权是由发展商一个产权分割来的。

2、按房屋再转让时是否需要缴纳土地出让金来区分的，不用再缴土地出让金的叫大产权，要补缴土地出让金的叫小产权。按这种解释普通商品房就是大产权房，经济适用房就是小产权房。

3、按产权证的发证机关来区分的，国家发产权证的叫大产权，国家不发产权证的，由乡镇政府发证书的叫小产权，又被称为乡产权，乡产权并不构成真正法律意义上的产权。

第1和第2种分类的小产权是合法的，只要交足购房款，或转让时补缴土地出让金就可以自由买卖（经济适用房需房屋产权证自发证日起满5年才可上市交易），其法律规定较为明确。而第三种解释的小产权的法律属性存在较大争议，而且拿不到真正法律意义上的产权证。