一、什么情形下由用人单位清偿农民工工资

1、用人单位允许个人、不具备合法经营资格的单位，以用人单位的名义对外经营，造成拖欠农民工工资的，由用人单位承担支付农民工工资的责任。

2、法律依据：《保障农民工工资支付条例》第十九条规定，用人单位将工作任务发包给个人或者不具备合法经营资格的单位，导致拖欠所招用农民工工资的，依照有关法律规定执行。用人单位允许个人、不具备合法经营资格或者未取得相应资质的单位以用人单位的名义对外经营，导致拖欠所招用农民工工资的，由用人单位清偿，并可以依法进行追偿。

二、公司恶意欠薪要受什么刑罚

（一）按规定，公司恶意欠薪具备以下条件的将构成拒不支付劳动报酬罪：

1、公司以转移财产、逃匿等方法逃避支付员工的劳动报酬，或者有能力支付而不支付员工的劳动报酬;

2、公司拖欠员工薪水数额较大，实践中将涉及5000到10000认定为数额较大;

3、经政府有关部门责令支付仍不支付。

（二）符合以上要件后，公司将要接受以下的刑罚：

1、一般情况下，公司将会被处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;

2、造成严重后果的，公司将要处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金;

3、尚未造成严重后果，在提起公诉前支付员工劳动报酬的，要依法承担相应的赔偿责任，并可以减轻或者免除处罚。

另外，具有下列情形之一，劳动行政部门会责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿：

1、未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付员工劳动报酬;

2、低于当地最低工资标准支付员工工资;

3、安排员工加班不支付加班费;

4、解除或者终止劳动合同，未依法向员工支付经济补偿。