一、公司合并员工不愿意去合并后的公司如何办

可以要求解除合同，用人单位应当支付经济补偿金。不支付的，劳动者可以申请仲裁，不服仲裁结果的，可以提起诉讼。

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

二、公司合并员工不愿意去合并后的公司能否直接离职

可以。公司合并后，如果员工不愿意去合并后的公司，原则上员工有权选择是否继续履行劳动合同。如果员工选择离职，可以与公司协商解除劳动合同，并按照相关法律规定获得相应的经济补偿。

根据《中华人民共和国劳动法》的规定，员工与公司协商一致可以解除劳动合同，同时公司需要支付经济补偿金。

三、公司合并员工不愿意去合并后的公司解除合同程序

1．制作书面解除劳动合同通知书，并且送达给劳动者，解除劳动合同通知书应当载明用人单位解除劳动合同的事实、理由及依据。

2．工作交接：用人部门安排员工依照相关规定办理工作交接。

3．结算薪资和经济补偿：在员工办理完毕工作交接后，财务科应当结算并支付该员工的薪资。如是公司方提出解除合同，还应当结算并支付该员工的经济补偿。

4．劳动合同解除：完成上述流程后，劳动合同按双方约定解除。

5．出具离职证明：在解除劳动合同时人力资源科出具解除劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

6．备案：对解除的劳动合同的文本原稿及原电子档案进行备案，至少保存二年备查。

《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）：第四章　劳动合同的解除和终止　　第四十七条　【经济补偿的计算】经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。\n劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。\n本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。