公司合并后员工有权自由选择留下。公司合并后，由于薪酬、岗位、福利等因素的变化，合并公司员工有权自由选择留下。如果员工选择离开，公司需要对员工进行相应的补偿。对员工的补偿包括：现金支付、股权支付和债权支付。三种方式是根据企业的支付能力来确定的。重组企业支付能力差的，可以将员工的经济补偿转化为重组企业的负债，减少相应的企业净资产。

两公司合并，怎么去计算员工工龄

工龄，是指职工自与单位建立劳动关系起，以工资收入为主要来源或全部来源的工作时间。

劳动者被公司从原来的公司安排到新的公司进行工作的，劳动者的工作年限则要用原来的工作年限加上新的工作年限，即工龄是合并计算的。

如果原来公司已经向劳动者做了经济补偿，并且双方已经解除了劳动合同关系；

新的公司在依法解除并终止劳动合同，计算经济补偿金的工龄时，将不再计算劳动者在原来公司的工作年限，即工龄不需要合并计算。

《中华人民共和国公司法》第一百七十二条公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。

一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。