两年内的加班工资，应由用人单位提供证据证明，超过两年的由劳动者承担举证责任。

（1）用人单位就加班工资承担的举证责任，并非来自举证责任倒置。

最高法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》及《最高人民法院关于民事证据若干规定》中“在劳动争议纠纷案件中，因用人单位作出开除、除名、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位承担举证责任”的规定，不适用于加班工资的情形。因为，该规定中的所谓减少劳动报酬的举证责任倒置，系指用人单位与劳动者约定了明确的工资报酬，且双方均认可应按该明确约定数额发放工资的前提下，用人单位应对减少劳动者应发工资数额的理由和原因，承担举证责任，适用该条的前提是劳动者的工资是确定的。而在对是否加班本身产生纠纷，各执一词的情况下，对是否存在应付加班工资的事实都不确定，就更不存在减少工资的情形，因此，加班工资的举证责任，不适用于该条举证责任倒置的情形，根据谁主张、谁举证的诉讼原则，原则上应由劳动者对加班的事实，承担举证责任。

（2）用人单位承担二年内加班工资的举证责任，系因其掌握劳动者二年内加班事实的证据。

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条及《最高人民法院关于民事证据若干规定》中七十五条的规定，劳动者有证据证明，与加班争议有关的证据系由用人单位掌握的，用人单位应如实提供，用人单位拒不提供的，由用人单位承担不利后果。应当对劳动者加班的证据及加班工资的支付凭证，保留两年备查，在两年期限内，用人单位具有法定的保留义务。因此，对两年内的加班工资发生争议的，因用人单位掌握着劳动者加班与否的证据及考勤记录，应由用人单位提供证据，否则，用人单位应承担举证不能的法律后果。

（3）从举证能力上来看，由用人单位提供两年内劳动者加班的证据，不会过分加重用人单位的管理成本。

在劳动关系中，劳动者和用人单位之间系一种管理与被管理的关系，劳动者对用人单位具有一定的人身依附性，且劳动者在该关系中处于弱势地位，在日常的人事管理中，用人单位通常都处于强势地位，无论是考勤的记录内容，还是加班的审批表等证据，一般都由用人单位掌握，劳动者一般不敢主动要求用人单位向自己提供该证据，从举证能力上来看，用人单位相对于劳动者而言，无疑处于绝对优势地位，由用人单位承担一定期限内的举证责任，较为合理。但如果过分要求用人单位必须长期保留劳动者全部工资支付凭证和加班证据的话，无疑会加重用人单位的管理经营成本，不利于保持用人单位和劳动者利益之间的均衡，有失公允。因此，超过两年的加班工资争议，应根据谁主张、谁举证的原则，仍由劳动者承担举证责任。

（4）用人单位承担两年内加班工资举证责任，或将得到司法解释确认。

最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(三)(征求意见稿)第四十一条规定：人民法院审理劳动争议案件，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供;用人单位不提供的，应当承担不利后果。劳动者主张加班工资，用人单位否认加班的，用人单位应对劳动者未加班的事实负举证责任。

调解仲裁法施行后，劳动者起诉追索加班工资，超过两年前的加班工资，由劳动者对加班事实负举证责任;两年之内的加班工资，由用人单位对劳动者未加班的事实负举证责任。

单位用补休代替加班费的，通常只适用与休息日安排加班的情况，要是在平常安排加班或法定节假日安排加班的话，则就不能用补休替代加班费，否则的话这样的行为就是不合法的。而单位安排了员工加班的，需要支付相应的加班费。

一、劳动争议举证责任

1、《劳动争议调解仲裁法》

该法第三十九条规定：当事人提供的证据经查证属实的，仲裁庭应当将其作为认定事实的根据。

劳动者无法提供由用人单位掌握管理的与仲裁请求有关的证据，仲裁庭可以要求用人单位在指定期限内提供。用人单位在指定期限内不提供的，应当承担不利后果。

2、《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》（一）

该解释第十三条规定：因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。

3、《工资支付暂行规定》（劳部发［1994］489号）

该规定第六条规定：用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。

结合其他举证规则，如果用人单位未按上述要求记录工资支付情况，则应承担举证不能的责任。

综合上面所说的，违反了公司制度那么就是属于没有遵守劳动法，这种行为是得不到什么补偿的，如果因这种行为造成了用人单位的重大损失，那么这是需要劳动者给赔偿的，所以，劳动法不止是保护劳动者同样也是保护用人单位，谁有错谁就该处罚。