双方因感情不和分居满两年的不能算自动离婚的。我国没有关于自动离婚的规定，且不承认自动离婚的效力，当事人主张解除婚姻关系的，必须依法向婚姻登记机关申请离婚登记，或向法院起诉离婚，法院应当进行调解。如果因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。

一、如何离婚后再申请分居？

分居是不会自动离婚的。因感情不和分居满二年可作为婚姻破裂申请离婚的一个条件。正确的解除婚姻关系只有两种途径：到婚姻登记管理机关办理离婚手续，或到人民法院通过判决或调解解除婚姻关系。否则就算分居多年，在法律上也还是婚姻关系。

二、法律上分居多长时间算离婚

法律没有规定分居几年后婚姻关系可以自动解除。离婚只有两种方式：协议离婚和诉讼离婚，没有自动离婚。

因为感情不和分居两年，只是法院判断夫妻关系破裂的法律情形，不一定会导致自动离婚的法律后果。

司法实践中是否因感情不和而分居两年，需要根据以下几点来确定：

1、分居的原因一定是感情不和；

2、双方必须分居，不履行夫妻义务；

3、分居满两年，必须连续满两年。

三、法律规定分居多久才可以自动解除婚姻关系

我国《民法典》并未规定夫妻分居多久为自动离婚，夫妻因感情不合分居两年的可以判定为感情破裂，当事人可以提起离婚诉讼。我国《民法典》规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：(一)重婚或者与他人同居;(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;(四)因感情不和分居满二年;(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。