在行政诉讼中法院判决撤销行政行为的情形：

1、做出行政行为的主要证据不足的；

2、做出行政行为适用的法律、法规错误的；

3、做出行政行为的程序违法的；

4、行政行为是超越职权做出的的；

5、是滥用职权做出的行政行为；

6、做出的行政行为明显不当的。

行政机关自行撤销行政行为的法律依据

行政机关自行撤销行政行为的法律依据具体如下：

1、有些行政行为虽然错了，但却不能撤销，如有些行政许可行为；

2、有些行政行为已经司法机关审查并作出裁定或判决，已具有了司法约束力，行政机关也不能撤消了；

3、有些行政行为虽然错了，但已存续多年，当事人已对其产生信赖，也不宜撤销，从行政处罚法、行政许可法的规定看，也按照依法行政的原则，行政机关作出行政行为需要有法律依据；

4、有些行政行为是依职权做出，有些是依申请作出，但一般都有法律的规定。

《行政诉讼法》第七十条

行政行为有下列情形之一的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为：

（一）主要证据不足的；

（二）适用法律、法规错误的；

（三）违反法定程序的；

（四）超越职权的；

（五）滥用职权的；

（六）明显不当的。