应该通过以下方式处理劳动纠纷：

1、双方自行协商。双方通过协商方式自行和解，是当事人应首先争取解决争议的途径。当然协商解决是以双方自愿为基础的，不愿协商或者经过协商不能达成一致，当事人可以选择调解程序或仲裁程序；

2、调解程序。当事人可以向本用人单位所在地劳动争议调解委员会申请调解。调解程序是自愿的，只有双方当事人都同意申请调解，调解委员会才能受理该案件； 当事人可不经过调解而直接申请仲裁。另外，工会与用人单位因履行集体合同发生争议，不适用调解程序，当事人应直接申请仲裁；

3、仲裁程序。若经过调解双方达不成协议，当事人一方或双方可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人也可以直接申请仲裁；

4、法院审判程序。当事人如果对仲裁裁决不服，可以向当地基层人民法院起诉。

一、劳动调解应遵守的原则

（1）事实清楚原则。所谓事实清楚原则，是指在仲裁程序中，应当坚持在查明事实、分清责任的基础上，才能进行调解的原则。事实清楚是调解的基础和前提。只有查清事实、分清是非，才能使双方当事人认识到自己的行为哪些是合法的，哪些是违法的，从而促使当事人互谅互让，达成调解协议。事实不清，不能调解。

（2）自愿原则。所谓自愿原则，是指在仲裁程序中，是否进行调解，能否达成协议，完全取决于双方当事人的自愿。当事人如果不自愿，就不能调解。这就是说，劳动仲裁机关在仲裁程序中，要充分尊重当事人或调或裁的权力，不得强迫。

（3）合法原则。所谓合法原则，是指在仲裁程序中，调解活动和协议内容，都必须符合劳动实体法和仲裁程序法的规定。就是说，调解程序和协议必须合法，否则不能成立。

相关法律规定：

《中华人民共和国劳动法》

第七十九条：劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》

第五条：发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

二、公司克扣员工工资应该怎么办

可以向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁维权。

1、协商解决。

劳动者与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商，这不是必经程序，双方可以协商，也可以不协商，完全出于自愿。

2、申请调解。

当事人就已经发生的劳动纠纷向劳动纠纷调解委员会申请调解的程序。

3、仲裁处理。

当事人将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理的程序，如果想提起诉讼打劳动官司，必须经过仲裁程序，不能直接向人民法院起诉。

4、诉讼解决。

即我们平常所说的打官司。