因为员工旷工而扣其工资，若是不支付其当天的工资，此时不属于扣工资，因为本身员工当天就没有上班，单位自然是可以不予支付当天的工资。但要是在此之外还要扣工资的话，自然就是不合法的。不过如果旷工行为给单位造成了经济损失，此时单位可以要求员工赔偿，那么实际操作的时候就可以在其工资中扣除应当赔偿的部分。

企业员工旷工的处理

职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效，连续旷工时间超过十五天，或者一年内累计旷工时间超过三十天的，企业有权予以除名。

《工会法》第二十一条规定：

企业，事业单位处分职工，工会认为不适当的，有权提出意见。企业单方面解除职工劳动合同时，应当先通知工会，工会认为企业违反法律，法规和有关合同，要求重新研究处理时，企业应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。职工认为企业侵犯其劳动权益而申请劳动争议仲裁或者向人民法院提起诉讼的，工会应当给予支持和帮助。由此可见，在对旷工职工作除名处理时，应当征求企业工会的意见。

每个企业都是有自己的规章制度的，如果长期旷工、迟到、早退那么企业肯定会给予一定的惩罚。根据我国相关规定只要是连续旷工15天企业有权利予以开除，如果是1年之中累计旷工超过30天，那么企业也可以将员工进行除名处理。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。