行政诉讼证明责任倒置的原因，即被告（行政机关）承担证明自己行为合法性的原因是：被告承担证明责任是依法行政原则的应有内涵。依法行政原则要求行政机关作出行政行为不仅要实体合法，而且程序也应合法。被告有充分的举证能力。由被告承担证明责任符合大陆法系“主张消极事实的人不负举证责任”的原理。行政诉讼的诉讼标的是被诉具体行政行为的合法性。由被告承担证明责任，还有立法政策上的考量和行政导向方面的意义。行政诉讼要解决的问题是具体行政行为是否合法，从行政诉讼的立法目的即保护公民、法人和其他组织的合法权益出发，摆在立法者面前的惟一合理的选择是设置被诉具体行政行为违法推定原则由被告承担举证责任所具有的行政导向方面的意义在于，有利于督促行政机关依法行政、促使其严格遵守“先取证，后裁决”的程序规则，以充分实现行政诉讼法的立法目的。

一、行政诉讼中证明责任如何分配

(一)被告负举证责任的原则：

1、被告对作出行政行为的合法性负有举证责任，应当提供作出行政行为的证据和所依据的规范性文件。

2、卷宗主义原则。即行政机关作出行政行为，必须先取证，后裁决，奉行证据在先原则。

3、被告怠于举证，视为没有举证，要承担不利后果。

4、复议维持的案件中，复议机关和原机关共同承担原行为合法性的举证责任。

(二)原告承担举证责任的情形：原告对下列事项承担举证责任：

(一)证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外;

(二)在起诉被告不作为的案件中，证明其提出申请的事实;

(三)在一并提起的行政赔偿诉讼中，证明因受被诉行为侵害而造成损失的事实，

(四)其他应当由原告承担举证责任的事项。