行政机关在行政诉讼中只能是被告。行政诉讼的目的是对具体行政行为的合法性进行审查，因而行政机关作出具体行政行为或应当作出具体行政行为而不作为均是行政诉讼发生的实质性要件。例如，给当事人拘留、罚款处罚这是作为;当事人申领颁发或不予答复的属于不作为。没有行政机关的作为和不作为，公民、法人和其它组织也就不可能提起诉讼，因此，行政诉讼也就不会发生。所以说，在行政诉讼中，行政机关只能是被告。

由于行政管理主体和行政管理活动的复杂性，被告的确定也是比较复杂的，根据《行政诉讼法》的规定，行政诉讼和被告有以下五种情况。

(1)公民、法人或者其它组织依法直接向人民法院提起诉讼的，作出具体行政行为的机关是被告。依法直接向人民法院起诉的，指未经复议直接起诉的，在这时，作出具体行政行为的机关是被告。

(2)经复议机关复议的案件，复议机关维持原具体行为的，原作出具体行政行为的机关是被告;复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告。这样规定的理由是，当复议机关维持原具体行政行为时，对公民、法人或者其他组织的权利义务发生约束力的是原具体行政行为，作出原具体行政行为的机关是直接处理涉及公民、法人或其它组织的权利义务的机关。当复议机关改变(含撤销和变更)原具体行政行为时，对公民、法人或者其他组织权利义务以生拘束力的是复议决定，复议机关是直接处理涉及公民、法人或者其它组织的权利义务的机关。因此，复议机关是被告。

(3)两个以上行政机关共同作出同一具体行政行为的，共同作出具体行政行为的行政机关是共同被告。例如，两个行政机关共同对管理相对人作出同一处罚决定，如果当事人提起行政诉讼，这两个机关就是共同的被告。

(4)由法律、法规授权的组织所作出的具体行政行为，该组织是被告。由行政机关委托的组织作出的具体行政行为，委托的行政机关是被告。上边说的是两种情况，一种是法律、法规授权的。例如，《中华人民共和国铁路法》规定，国家铁路运输企业行使法律、法规授予的行政管理职能，这样，铁路运输企业对违反《铁路法》的行为，有权依法进行行政处罚。铁路企业不是行政机关，而是根据法律的授权进行的行政处罚，公民、法人或者其他组织对铁路企业处罚不服，提起行政诉讼，铁路企业是被告。另一种是行政机关委托的。

(5)行政机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关是被告。这是被告资格转移的一种特殊情况。当原作出具体行政行为的机关被撤销后，继续行使其职权的行政机关虽然没有实施原告认为侵犯其合法权益的行为，但他仍处于被告的地位，因为他既然承担被撤销机关的职责，就要履行其义务。