企业因政府拆迁获得的补偿款扣除企业搬迁支出后为负数的称为财产损失，这种情况下的税务处理按国家税务总局第13号令《企业财产损失所得税前扣除管理办法》执行，可以在经过税务机关审批后作为财产损失进行税前扣除。

财产损失由该级政府所在地税务机关报上一级税务机关审批，下级税务机关依据上级税务机关的批文确定是否需对该财产损失作出所得税纳税调整。

一、企业拆迁补偿款免税吗

（一）对被征用资产价值的补偿；

（二）因搬迁、安置而给予的补偿；

（三）对停产停业形成的损失而给予的补偿；

（四）资产搬迁过程中遭到毁损而取得的保险赔款；

（五）其他补偿收入。

第15条、16条规定，企业在搬迁期间发生的搬迁收入和搬迁支出，可以暂不计入当期应纳税所得额，而在完成搬迁的年度，对搬迁收入和支出进行汇总清算。企业的搬迁收入，扣除搬迁支出后的余额，为企业的搬迁所得。企业应在搬迁完成年度，将搬迁所得计入当年度企业应纳税所得额计算纳税。

二、企业取得了政府拆迁补偿款是否要交企业所得税

政府指导的企业拆迁也称为企业政策性搬迁，根据《企业政策性搬迁所得税管理办法》（国家税务总局公告2012年第40号）规定，符合政策性搬迁企业的搬迁收入扣除搬迁支出后的余额为企业的搬迁所得，这里搬迁支出指重置固定资产和技术改造及搬迁损失费用，不包括安置职工的费用，这与财政部和国家税务总局财税〔2007〕61号文规定的搬迁收入准予扣除安置职工费用，略有不同。企业应在搬迁完成年度将搬迁所得计入当年度企业应纳税所得额计算纳税。

搬迁完成年度是企业纳税义务发生的时间。上述40号文规定了认定搬迁年度的标准是从搬迁开始5年内（包括搬迁当年度），也就是说从搬迁开始5年内，搬迁补偿款扣除搬迁费用支出和资产处置支出等，结余的款项要交纳企业所得税。