在编教师绩效工资学校有权扣除的。是否合法应由以下因素决定：

1、关于扣减绩效的规定是否经过职代会或者全体职工大会通过，假如没有，这项规定就不合法；

2、在入职前公司是否告知关于绩效工资如何扣减的规定，假如没有，这项规定不合法；

3、关于扣减职工绩效工资是否向职工告知并提出绩效改进方案，假如没有虽然合法但不合理。

教师绩效工资的政策是什么？

未来五年将继续推动地方实施师范生免费教育，培养“一专多能”的自主化乡村教师。推动地方全面落实连片特困地区乡村教师生活补助政策，引导地方财政加大投入，力争将这一政策扩大到所有乡村地区，同时引导各地对长期在农村基层和艰苦边远地区工作的教师实行工资倾斜政策。

此外，健全教师工资保障长效机制，保证教师工资水平稳步增长。改革绩效工资政策，大幅度提升教师工资绩效部分的比例。探索在职业学校设置正高级教师职务（职称）。探索地方政府、高等学校、行业企业、职业院校“四位一体”职业教育师资培养模式，强化技能训练。

《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：

（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；

（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

（三）安排加班不支付加班费的；

（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。任。