一般情况下，分公司如果是独立核算，就可以与总公司相互开具发票，各自进行汇算清缴;反之，分公司如果不是独立核算，就不可以和总公司相互开发票;分公司的帐务、报表汇总到总公司，由总公司进行汇算。分公司开发票必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。如果分公司业务开具的是增值税发票，分为以下三种情况：

1、分公司如果是一般纳税人，就可以与总公司互相开具增值税专业发票。

2、如果分公司是小规模纳税人，只能开具普通发票，而且总公司不能抵扣应缴税款;总公司也只能给分公司开具普通发票，分公司不存在着抵扣问题。

3、小规模纳税人可以向税务部门提出申请，委托代开增值税税率为3%(自09年起不再区分工、商业，一律按照3%征收)的专用发票，但是对方公司只能3%的进项税额，从自己的销项税额中抵扣。

一、分公司销售发票违法吗

总公司授权分公司独立开发票合法。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县(市)的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。分公司可以开发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。

二、在外地注册分公司有哪些流程

注册异地分公司需要准备的资料包括：总公司营业执照原件及复印件、总公司税务登记证原件及复印件、总公司验资报告复印件、总公司章程、股东会决议、法定代表人身份证复印件及照片、负责人任命书、负责人身份证复印件及照片等。注册流程与注册公司的一般程序相比，没有什么特别的要求。按照注册公司的一般程序，注册分公司之前应当确定分公司的名称，到工商局去进行核名。核名通过后再到工商局办理设立登记，申领营业执照。办理好营业执照后，可凭营业执照到公安机关指定的刻章点刻公章和财务章，到银行开立基本户，到税务机关办理税务登记、申领发票。