总公司授权分公司独立开发票合法。分公司无论是否为独立核算，只要是从事生产经营，与总机构不在同一县(市)的，就应该到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，开具发票。经有权的税务机关批准汇总纳税的，按汇总纳税的规定缴纳税款开具发票。分公司可以开发票。但必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。

一、分公司只能开增值税专用发票吗

分公司能开增值税专用发票。但是必须取得营业执照以及国、地税务登记证。分公司在进行了税务登记后，可以向税务局申领发票。增值税纳税人一般是指，已办理税务登记的小规模纳税人，以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。增值税纳税人发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。

二、分公司不具有法人资格能独立核算吗

分公司是不具有独立法人资格的，也就不是纳税主体，会计上是不具有独立核算体。

企业设立分支机构，使其不具有法人资格，且不实行独立核算，则可由总公司汇总缴纳企业所得税。这样可以实现总公司调节盈亏，合理减轻企业所得税的负担。