一、发票开给分公司，但货款由总公司支付，允许吗

此种行为在理论上无可厚非。

实际上，此类分支机构并非独立存在之法人实体，因此可以依据自身之名义进行日常运营活动。

若该公司属于我国《公司法》中明确规定的分支结构，则必须持有由工商行政管理局签发之合法营业执照。

由于在此情况下，法律责任最终将由主办单位负责承担处理。

但是，尽管如此，此类分支机构仍具有直接与外部各方签署合同的权利。

正因为此，分支机构不仅能够代表母公司签署各类合同，还能接收款项，开具发票等。

需要明确指出的是，所有法律后果均将由主办单位来承担。

在此情况下，诸多企业可能不愿向分支机构付款，甚至更倾向于让母公司或者主办方开具相应发票。

《公司法》

第七条

依法设立的公司，由公司登记机关发给公司营业执照。公司营业执照签发日期为公司成立日期。

公司营业执照应当载明公司的名称、住所、注册资本、经营范围、法定代表人姓名等事项。

公司营业执照记载的事项发生变更的，公司应当依法办理变更登记，由公司登记机关换发营业执照。

第八条

依照本法设立的有限责任公司，必须在公司名称中标明有限责任公司或者有限公司字样。

依照本法设立的股份有限公司，必须在公司名称中标明股份有限公司或者股份公司字样。

第九条

有限责任公司变更为股份有限公司，应当符合本法规定的股份有限公司的条件。股份有限公司变更为有限责任公司，应当符合本法规定的有限责任公司的条件。

二、分公司的发票可以在总公司入账吗

针对跨地区分支机构所开具之发票，其上级总部确有权限将此纳入自身财务报表之中；当总部所开具之发票在交由下属子公司进行入帐处理时，其未必能被接受。

这主要是因为发票抬头信息需与各公司法定注册全称完全一致，尽管各分公司可能并未拥有独立法人资格之营业执照，但相应地却会持有非法人性质的营业执照，此种形式亦可独立完成会计核算工作，因此，相关发票上之抬头名称必须严格遵循以上规定。

若为分公司抬头之发票递交至总公司，则该公司可能无法将其纳入自身财务处理范围之内。

值得注意的是，总、分公司间的企业所得税征收实行汇总纳税制度，而根据相关法律法规要求，企业所得税属于法人税制范畴，因此，总部所开具且抬头为分公司之发票仍可在企业所得税申报过程中予以抵扣适用。