不可以的，分公司的发票就应当分公司入账核算才是的。各自核算绝对不能抵扣他人进项税额，网上申报也没有这功能程序。增值税发票名称也是总公司，当然总公司可以抵扣。但货物在分公司，总公司会计肯定带来麻烦要操作。

一、设立分公司可以合法的吗?

分公司设立分公司是不合法的。

分公司是没有法人资格的，所以不能再设立分公司。

分公司是指在业务、资金、人事等方面受总公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于总公司分支机构，在法律上、经济上没有独立性，不具有企业法人资格，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。

二、分公司可以有几个股东

公司有股东的一个前提是股东对公司有出资,而分公司没有自己的独立财产,其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分,因此分公司不可以有股东。依据公司法的规定,分公司是不具有法人资格的,所以分公司是不具有股东的,分公司的债务也是由总公司承担。

三、分公司办理营业执照流程步骤是怎样的？

（一）名称审核分公司的名字审核，分公司名字也需要审核的，办理名称审核时工商局会给一个名称审核表，填写完毕后拿总公司营业执照复印件一并交与名称审核窗口。(二到三个工作日，周六周日不算)

（二）准备相关资料分公司名字审核完毕以后拿着工商局给您的名称审核证明，然后准备工商注册所需资料，分别有：一、总公司营业执照副本复印件。二、指定代表授权委托书(总公司开具的，盖公章)。三、分公司营业场所证明，(房产证用途必须为商业用途，如果是住宅，需要到当地居委会开具不扰民证明或者是居委会同意住宅转商用证明，这个不好开)如果没有房产证，需要开具房屋销售许可，及房屋买卖合同，还有租赁合同。四、公司章程(公司重大改革会议纪要)。五、分公司设立申请书(这个表格在工商局领取，意思是总公司申请在当地办理分公司，要有总公司盖章)。六、分公司负责人的身份证复印件5份以上。以上资料可以代办，但必须有分公司负责人身份证及复印件，代办人员的身份证及复印件。提交以上材料以后等待2-3个工作日出证，期间没有任何费用。注意：分公司的注册是需要有母公司的，所以资料大部分都是需要母公司提供的，反而比新注册的公司麻烦的。

（三）公章、法人章的申请

（四）组织机构代码的办理

（五）税务登记证的办理到您办公地所属区域地税局办理，国税可以不去，但地税必须办，国税地税所需材料一样。

（六）CA证书办理

（七）公司基本账户的建立