不可以的，分公司的发票就应当分公司入账核算才是的。各自核算绝对不能抵扣他人进项税额，网上申报也没有这功能程序。

增值税发票名称也是总公司，当然总公司可以抵扣。但货物在分公司，总公司会计肯定带来麻烦要操作。

发票开的是总公司名称必须在总公司抵扣。不可以在分公司抵扣。

不管实际费用谁出，专用发票的名称开的是总公司，只有在总公司抵扣。

一、分公司的法律特征有哪些

1、分公司是由总公司依法设立的，分公司的主要业务活动完全由总公司决定，分公司一般是以总公司的名义并根据它的委托来进行业务活动的。

2、分公司没有自己独立的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。

3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。

4、分公司不独立承担民事责任，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关，总公司要对分公司的债务负无限责任。

5、分公司没有自己独立的名称和章程，而只能使用与总公司同样的名称和章程。

二、公司分立的法定形式有哪些

公司分立的法定形式可分为新设分立和派生分立两种。

1、新设分立，又称解散分立。是将被分立企业分设成两个或两个以上的企业，被分立企业依法注销。

（1）企业分家，股东不分家。被分立企业的全部股东按原持股比例均衡地同时取得全部分立企业的股权，原持有的被分立企业的股票依法注销，被分立企业依公司法规定解散。

（2）企业分家、股东也分家。被分立企业的不同部分股东取得不同分立企业的股票，同样，被分立企业依据公司法规定解散，股票依法注销。

2、派生分立，又称存续分立。是指一个公司将一部分财产或营业依法分出，成立两个或两个以上公司的行为。在存续分立中，原公司继续存在，原公司的债权债务可由原公司与新公司分别承担，也可按协议由原公司独立承担。新公司取得法人资格，原公司也继续保留法人资格。