劳动者在辞职中和原用人单位发生纠纷，原单位不予办理人事档案调转手续，是属于辞职纠纷的劳动争议，可以向原单位所在地劳动争议仲裁委员会提请仲裁申请，并在劳动争议仲裁裁定与原单位解除劳动关系后，要求原单位办理人事档案调转手续。职工与企业解除劳动关系后，原用人单位不能随意扣押职工档案，应按有关规定及时转递。

因档案问题被单位克扣工资是否合法

不合法。

《中华人民共和国劳动法》

第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

《中华人民共和国劳动法》第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：

（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；

（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；

（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。

《中华人民共和国劳动合同法》第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。

《中华人民共和国劳动法》第七十七条用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。

调解原则适用于仲裁和诉讼程序。