员工给公司造成损失的公司可以扣除工资。根据《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者自身原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以按照劳动合同要求赔偿经济损失。经济损失的赔偿可以从工人本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。如果扣除剩余工资低于当地月最低工资标准的，按最低工资标准支付。

公司在什么情况下要支付劳动者加班费

有下列情形之一的，用人单位应当支付高于劳动者正常工作时间工资的工资：

1、安排劳动者延长时间的，支付不低于工资150％的工资；

2、休息日安排劳动者工作不能安排补休的，支付不低于工资200％的工资；

3、安排劳动者在法定休假日工作的，支付不低于工资300％的工资。

《工资支付暂行规定》第十六条