两者的区别在于是否合法，拖欠劳动者工资是一种违法行为。而克扣劳动者工资的行为，根据《工资支付条例的规定》，符合某些情形，可以合法扣发劳动者的工资。

《工资支付条例的规定》第十五条规定：用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。