扣除年终奖金是不合法的，工资应正常支付，奖金应看具体情况，看公司相关制度的规定。员工探望配偶和未婚员工探望父母的往返旅费由所在单位承担。已婚员工访问父母的往返旅费，在本人月基准工资的30％以内，本人自立，部分以上由所属公司承担。

部队探亲假路费标准

探亲路费由交通费、中转住宿费和途中伙食补助费构成。从2014年1月起，提高探亲路费计发标准，将探亲路费中的“交通费”调整为“交通补助费”，“中转住宿费”调整为“中转住宿补助费”。

交通补助费按探亲里程和全军统一标准计发。探亲里程是指部队驻地到探亲地点最近的里程，包括铁路和公路。探亲地点以探亲对象的户籍所在地为准；探亲对象是军人的，以其行政关系所在单位驻地为准。具体里程由各单位财务部门按实核定。

交通补助费计发标准按照探亲里程分段设置，其中探亲里程单程在200公里以内的，不区分人员类别，按每百公里50元计发；超过200公里的部分，干部、士官、边海防部队来队家属每百公里30元，供给制学员、非边海防部队来队家属每百公里23元。

不足100公里的部分，按百公里计算。符合乘坐飞机探亲的人员，其乘坐飞机的区段，仍实行按实计发的办法。

《国务院关于职工探亲待遇的规定》第6条