一、公司扣除超过百分之二十的工资怎么办

申请劳动仲裁。因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。双方当事人约定的劳动者在未完成劳动定额或承包任务的情况下，用人单位可低于最低工资标准支付劳动者工资的条款不具有法律效力。根据该规定，无论劳动者是否完成了劳动定额或承包任务，也无论用人单位和劳动者怎样约定，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就应当向劳动者发放工资。

二、哪些情况下公司可以扣工资

1、用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;

(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;

(3)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;

(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

2、因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

三、能够申请劳动仲裁的事项有哪些

用人单位和劳动者发生以下劳动争议可以申请劳动仲裁：

1、因确认劳动关系发生的争议;

2、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;

3、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;

4、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;

5、因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;

综上所述，公司和员工订立劳动合同，以后公司会按照合同条款支付工资报酬。如果员工因为自己的失误给公司造成财产损失，扣工资是可以的，但是不能超过百分之二十。否则，员工可以要公司补发工资，不行的话找劳动仲裁委员会申请仲裁，走法律程序。