可分以下情况分别处理：

(1)属于原特区房地产公司代表政府颁发的房屋所有权证，需到深房集团新峰交易所确认，在办理登记时除提交房产证原证外，还应提交原购房合同书原件。若有遗失则在《深圳特区报》或《深圳商报》刊登遗失声明，并出具具结书，然后到房地产所在地登记部门换领《房地产证》;

(2)属原蛇口工业区产权处所颁发的《房屋所有权证》，需先持原《房屋所有权证》到蛇口工业区房地产公司核实确认，然后持《房屋所有权证》及原购房文件到房地产所在地登记部门换领《房地产证》。

(3)属于原市房管局发的《房屋所有权证》必须先审查土地使用权是否合法，如土地合法或虽不合法但已经处理的，可到房地产所在地登记部门换领《房地产证》;不合法且未经处理的，不得换证。