《通知》规定：信托公司管理的公益信托财产及其收益，只能投资于流动性好、变现能力强的国债、政策性金融债及中国银监会允许投资的其他低风险金融产品。信托公司运用公益信托资金进行投资可以自主投资也应该被允许委托投资。

(1)自主投资

信托公司可以将公益信托资金用于直接购买流动性好、变现能力强的国债、政策性金融债，也可以投资于投资方向十分近似的债券基金或是货币市场基金。《通知》并未限定死公益信托的投资方向，所谓中国银监会允许投资的其他低风险金融产品应该是指信托公司自主研发的各种风险可控、高流动性、收益稳定的创新产品。

另外，公益信托的投资应严格遵守信托资金的保管制度，信托公司应选择合格的商业银行担任资金保管人，资金保管人应严格履行保管职责。甚至，中国银监会应当为公益信托制订类似于证券投资基金的托管制度。

(2)委托投资

《通知》要求公益信托投资于金融产品，而我国金融产品投资的专业机构为证券公司和证券投资基金管理公司(在某种程度上还包括商业银行和保险公司)，他们有相对健全的法规和制度以及专业的研发和管理团队，应当允许信托公司在不增加信托财产承担的成本的前提下，依照《证券公司客户资产管理业务试行办法》和《基金管理公司特定客户资产管理业务试点办法》的规定，将公益信托资金委托给他们投资于《通知》要求的投资方向。