劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付其加班费以及被克扣的工资。

1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）。

2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；

3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。申请劳动仲裁可以追讨两年前的加班工资，但是需要劳动者承担全部举证责任。工作日加班费的计算方式：月工资21．758加班小时数1．5倍；双休日加班费的计算方式：月工资21．758加班小时数2倍；法定节假日加班费的计算方式：月工资21．758加班小时数3倍。证明加班时间方面的证据主要包括：考勤表、考勤卡、加班审批单、加班通知、监控录像、证人证言、加班时所做工作形成的书面文字记录、电子邮件等。《劳动法》第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；

（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；

（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。《劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；

（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。