补发工资的计税：

1、合并发放多个月的工资。先向税局说明情况，最好有书面说明，向税局说明情况之后，正常申报未按时发放的工资，合并发放工资的当月，把以往应发而未发放的工资踢出，再申报剩余工资的个人所得税。

2、补发以前的工资。

补发工资的个人所得税应该怎么扣除？

根据有关规定，调资后补发以前数月的工资，可以分推到所属月份，与原来的月工资合并计算应缴个人所得税，扣除已缴纳的个人所得税，即为应该补缴的税款。

补发工资，应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。工资、薪金所得应纳的税款，按月计征，即，纳税人月初第一日至月末最后一日，取得的工资、薪金所得，减除费用5000后，依法计征个人所得税。

《个人所得税法》第六条

应纳税所得额的计算：

（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。

（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。