1、劳动者造成企业损失企业不能直接扣发工资，应当根据损失的大小和员工过错程度按比例承担责任。

2、法律依据：《劳动法》第一百零二条劳动者违反本法规定的条件解除劳动合同或者违反劳动合同中约定的保密事项，对用人单位造成经济损失的，应当依法承担赔偿责任。

一、员工给公司造成损失的情形有哪些

在企业用工管理实践当中，员工给公司造成损失的情形主要包括：

1、劳动者违法解除劳动合同导致企业损失：如劳动者未履行提前通知义务而径自离开工作岗位，使得短期内企业无法补充人员或者，有些公司的重要项目可能因劳动者的不辞而别而无法完成，造成外部的商业违约风险，间接给公司造成损失。

2、劳动者违反相关约定导致企业损失，如劳动者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业限制，泄漏用人单位商业秘密从而导致企业利润下滑产生经济损失。

3、在劳动合同履行过程中，因劳动者职务行为导致企业损失，主要表现为没有按照岗位职责履行自己的义务，有未尽职责的严重过失行为或者利用职务之便谋取私利的故意行为，使用人单位有形财产、无形财产遭受重大损害的情形。比如，商业银行的业务经理违反风险控制规定随意放贷，从而造成的银行呆账坏账。