由于公司实行的是综合计算工时工作制，如果员工正好是休息日，那么单位应给予补休，不能补休的应按工资支付加班工资。

相关知识：法定节假日应付工资

劳动和社会保障部2008年1月10日下发《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，劳动者的制度工作时间(即全年总天数减去休息日及法定节假日)由此前的251天减少为250天，则每月工作日由的20.92天调整为20.83天。

该《通知》还首次提出一个“月计薪天数”的概念，用以计算日工资、小时工资，而俗称的节假日加班三薪、公休日加班双薪正是以日工资、小时工资为计算基数。《通知》明确指出，按照《劳动法》第51条的规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，也就是说11个节假日即使不上班也应计薪，除去不计薪的104个双休日，月计薪天数应为(365-104)/12，即21.75天，再由月工资收入除以21.75得出日工资水平。以北京市月平均工资3008元为例，则劳动者节假日加班应以138.3元为基数，发放三薪或双薪。

根据《劳动法》“法定节假日用人单位应当依法支付工资”的规定，以前一直都是将法定节假日和双休日均视为不用支付工资，365天刨除这两块所剩天数除以12个月，得出每月工作日，计算日工资和加班工资。而此算法一直与《劳动法》相悖，包括刚刚废止的2000年发布的《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》。