公司克扣工资可以申请劳动仲裁。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

一、解决劳动关系纠纷的方法主要有

解决劳动关系纠纷的方法主要有：和解、调解、仲裁、诉讼等。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

二、对仲裁裁决不服怎么办

发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

三、公司拖欠工资怎么办？

公司拖欠工资可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

1、根据我国民事诉讼相关法律规定，发生劳动争议，当事人不愿协商，协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；

2、不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；

3、对仲裁裁决不服的，除另有规定外，可以向人民法院提起诉讼。