1、检材的制作收集容易出现纰漏。一些被告往往不真诚配合办案人员收集制作检材，在提供对比笔迹时故意改变自己的平常书写习惯，甚至以不会写字为由拒绝提供对比笔迹。

2、特定时间段内被告的笔迹收集比较难。同一被告的笔迹因随着年龄的增长其在不同年龄段的笔迹有很大不同，以致需要同一时期形成的对比笔迹时，难以获得。

3、片面依靠笔迹鉴定结论。有的办案人员忽视其他证据及生活习惯、经验法则在案件审理中的作用，把查明事实的希望全部放在笔迹鉴定结论上。这样一来一旦笔迹鉴定出现问题，就容易发生错案。

4、笔迹鉴定结论相互打架。有的案件，不止进行了一次笔迹鉴定，因为鉴定机构的不同，结果对同一笔迹的鉴定，出现不同的鉴定结论，让办案人员无所适从，更加大了处理案件的难度。

一、签名搭配司法鉴定如何进行？

1、委托阶段

这是司法鉴定程序开启阶段。委托人应向司法鉴定机构出具司法鉴定委托书，提供自己的身份证明，并提供委托鉴定事项所需的鉴定材料。委托人委托他人代理的，应当要求出具委托书。这里注意，委托人向司法鉴定机构提供的鉴定材料要真实、完整、充分；不得要求或者暗示司法鉴定机构和司法鉴定人按其意图或者特定目的提供鉴定意见。否则，鉴定出的结论会被法庭和其他当事人质疑甚至被重新鉴定。

2、受理阶段

在这一阶段，司法鉴定机构要对委托的鉴定事项进行审查，审查主要有以下几点：

（1）是否属于司法鉴定业务范围；

（2）鉴定事项的用途及鉴定要求是否合法；

（3）鉴定材料是否真实、完整、充分。对符合上述要求的鉴定委托，予以受理，作出受理的决定并与委托人签订司法鉴定协议书。

3、鉴定阶段

该阶段中，司法鉴定机构指定或者选择本机构中具有该鉴定事项执业资格的二名司法鉴定人共同进行鉴定，对鉴定过程进行实时记录并签名；对不同的鉴定事项有不同的鉴定方式。