员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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职工在怀孕期间不上班，如果和单位没有解除劳动关系的，则仍然由单位和本人继续按规定缴纳社保。女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天。用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金。
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