员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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劳动合同到期后，劳动者不愿续签劳动合同是可以直接走人的。劳动合同到期，是自然终止劳动合同，不是解除劳动合同，只要合同中没有约定需要劳动者提前告知，劳动者就没有提前三十日通知用工单位的义务。只要办理离职手续就行。
怀孕后不能上班，公司应当批产假，女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天。公司缴纳生育保险费的，女职工产假生育津贴和医疗费用由生育保险基金支付；未缴纳生育保险费的，由公司支付。
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