如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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违法， 一、如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。工资支付暂行条例第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
自离公司不发工资违法。员工自离不是不支付员工工资的理由，如果劳动者没有履行提前告知义务就离职的，用人单位可以要求劳动者赔偿公司遭受的经济损失，但是不可以以此为由不支付劳动者工资。
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