公司如果有相关规章制度，按规定罚则处理，劳动者自离给用人单位造成经济损失的，劳动者承担赔偿责任。 根据《劳动合同法》 第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。 用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。 在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。 用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。 第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
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员工擅自离职的，用人单位可以依法为其办理好离职手续；如果给单位造成损失的，可要求员工赔偿。赔偿可以从其工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。
员工擅自离职的处理有：用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施；当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续；如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，要求员工赔偿损失。
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