员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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员工怀孕期间被辞退不合法。劳动合同在女职工孕期、产期、哺乳期内到期的，单位不得终止合同，应当续延原合同至一年哺乳期结束为止。员工可以要求继续履行合同，并且支付工资损失到合同再继续履行时。不要求继续履行合同的，可以要求用人单位按每工作一年支付2个月工资的标准支付赔偿金。
员工在怀孕期间公司一般是不可以辞退员工的，但是员工具有在试用期间被证明不符合公司的录用条件；严重失职，营私舞弊，给公司造成重大损害等情形的则除外。
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