一、股权转让协议和工商登记不符如何处理

1、股权转让协议和工商登记不符，若是与公司外的人发生纠纷，应当以工商登记为准，对内应当以公司章程以及股东名册确定股东的资格。

2、协议不具有确认股东资格的效力。

3、法律依据：《公司法》

第七十一条有限责任公司的股东之间能不能相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。

第一百三十九条记名股票，由股东以背书方式或者法律、行政法规规定的其他方式转让;转让后由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。

股东大会召开前二十日内或者公司决定分配股利的基准日前五日内，不得进行前款规定的股东名册的变更登记。但是，法律对上市公司股东名册变更登记另有规定的，从其规定。

二、股权转让如何定价

1、在公司股权转让过程中，如何确定股权转让价款，在实务中常常引起争议。当前，我国相关法律除了对国有股权的转让估价作了限制性规定外，对于普通股权转让价格的确定并未作具体的规定。根据意思自治原则，只要当事人不违反法律的强制性规定，不损害国家和第三人的合法权益，法律允许股东自由确定股权转让价格。

2、在法律实践中，普通股权的转让价格通常由以下几种方式确定：

(1)当事人自由协商确定，即股权转让时，股权转让价款由转让方与受让方自由协商确定，可称为“协商价法”。

(2)以公司工商注册登记的股东出资额为股权转让价格.可称为“出资额法”。

(3)以公司净资产额为标准确定股权转让价格，可称为“净资产价法”。

(4)以审计、评估的价格作为依据计算股权转让价格，可称为“评估价法”。

(5)以拍卖价、变卖价为股权转让价格。

3、上述几种方法，都有其可取之处，但也均存在不足。依出资额法和净资产价法确定的股权价格简单明了，便于计算和操作;评估价法则通过对公司会计账目、资产的清理核查，较能体现公司的资产状况;拍卖、变卖的方法引入了市场机制，在一定程度上能体现股权的市场价值。但是，公司的生产经营活动受经营者的决策及市场因素的影响较大，公司的资产状况处于一种动态变化之中，股东的出资与股权的实际价值往往存在较大差异，如对股东的股权未经作价以原出资额直接转让，这无疑混淆了股权与出资的概念;公司净资产额虽然反映了公司一定的财务状况，但由于其不体现公司资金的流转等公司运作的重要指数，也不能反映公司经营的实际情况;审计、评估能反映公司财产状况，也能对公司运作的大部分情况进行估算，却不能体现公司的不良资产率、公司发展前景等是对股权价值有重要影响的因素;拍卖、变卖一般时间较紧，转让方和受让方常无法进行更多直接沟通。如不能很好理解和运用这几种方法，将造成股权的滥用，侵犯股东和公司的合法权益。

4、虽然当事人可以自由选择以上方式确定股权转让价格，但仍需遵守我国法律的强制性规定。如果股权转让价格与股权实际价值(或市场价值)差距过大，往往容易产生股权特让纠纷，有异议的一方可能会以此为由主张股权转让双方恶意串通。恶意串通约定股权转让价格,致国家、集体或者第三人利益受损的，将导致股权转让行为无效为了避免此类法律风险，保障股权转让各方的合法权益，当事人应尽量采取反映股权实际价值或市场价值的价格确定方式。例如，可以先对公司的资产、负债情况进行整体评估、审计，确定转让基准价格，并以此为基础协商确定转让价格，还可以结合公司不良资产率、国家产业政策等因素确定转让价格，或者引进拍卖、变卖的市场竞争机制转让股权。