一、申请

公证机构不能主动办理电子证据的保全，必须要依申请人的申请而进行，这种申请可以在诉讼开始前，也可以在诉讼开始后，法律没有禁止性规定。但是，如果在诉讼开始后申请电子证据的保全公证，应当在法院指定或者当事人约定的举证期限内向法院提交保全公证书，这是举证时限的要求。

二、审查

由于电子证据保全要遵循合法性原则，公证机构除了要审查申请人的材料是否符合《公证程序规则》第十九条的规定之外，还要对将要保全的电子数据是否侵害他人合法权益进行核实。

关于管辖权的审查，《公证法》第二十五条规定：自然人、法人或者其他组织申请办理公证，可以向住所地、经常居住地、行为地或者事实发生地的公证机构提出。但电子证据极易复制，可以通过网络、移动存储设备能够在极短的时间内实现无限次的传输，这就造成其原始存储地、发送人所在地、接收人所在地等与公证机构所在地很有可能并不一致，所以公证机构在受理电子数据保全公证时，不应当仅仅局限于地域和行为地管辖的问题，而应当从能否及时、合法、完整地保全电子数据的角度综合进行审查，只要能够合法取得并保存有关的电子数据，公证机构就应当受理。

三、操作程序

由于电子数据刚被作为法定的证据种类写入立法，所以关于电子证据保全公证的操作程序还没有系统的规定，主要散见于《公证法》、《公证程序规则》、中国公证协会发布的《关于办理保全证据公证的指导意见》等。综合上述法律法规及行业规范的规定，电子证据的保全公证应按如下程序操作：应当使用公证机构的计算机进行；由公证员按照申请人提供的书面操作程序进行操作；公证员应当按照顺序记录登录网络、进入网址、下载、打印(或刻录)等整个证据保全过程和所使用的操作软件名词、版本；公证员审核下载内容与网页内容是否相符；制作电子证据保全公证书；在公证申请人主动提出或者保全的电子数据具有复杂性、重要性时，公证员应当对保全的过程进行录像，并将录像资料与电子证据保全资料一并封存。