可以抵扣。通行费电子普通发票分为征税发票和不征税发票两种，增值税一般纳税人可以通过本地增值税发票选择确认平台进行通行费电子发票抵扣，也可以前往主管国税机关办税服务厅，由相关工作人员辅助其进行通行费电子发票的抵扣。

一、通行费通用机打发票可以抵扣吗

1、取得纸质通行费发票（非电子发票）不能抵扣进项税额。

2、取得电子发票，可以按照发票上注明的税额抵扣进项税额。

3、若是取得不征税的电子发票，不得抵扣增值税。

4、定额通行费普通发票的增值税抵扣政策截止到2018年12月31日已经到期。也就是从2019年1月1日起定额通行费普通发票不得计算抵扣增值税了。

二、车票开具地铁票能抵扣进项税吗

通过乘坐地铁服务属于旅客运输服务,取得的增值税电子普通发票属于允许抵扣进项税额的凭证,因此,如果是员工外出办公或出差乘坐地铁取得的电子普通发票可以抵扣进项税额;如果是员工上下班乘坐地铁取得的电子普通发票您公司给与报销,属于集体福利,且属于增值税暂行条例和财税。

三、商家可以拒绝开纸质发票吗

只开电子发票不开纸质发票是合法的，但不提供电子发票的纸质文件不合法。在有关文件中指出，购买方向开具增值税电子普通发票的纳税人当场索取纸质普通发票的，纳税人应当免费提供电子发票版式文件打印服务。对于拒绝提供免费打印服务或者纸质发票的管国税务机关应当及时予以纠正。