1、存在克扣工资的法律风险

根据目前司法实践，法院对旷工一天，扣三天工资的态度基本上是不支持。

裁判逻辑很简单，员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣三天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。而《劳动合同法》第三十条明确规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

既然属克扣工资，很显然，就得返还这部分工资了。

劳动合同法第八十五条还规定，未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，劳动行政部门可责令限期支付，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。

2、存在支付经济补偿金的法律风险

需特别注意的是，旷工一天，扣三天工资对于企业的法律风险，并不仅仅限于返还多扣的两天工资那么简单。

员工如果善于运用法律，企业可能面临更大的风险，可能支付更多的钱。

《劳动合同法》第三十八条规定，用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：

（二）未及时足额支付劳动报酬的；

（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；第四十六条规定，有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；

如果员工在公司按照旷工一天扣三天工资的规定实际扣除了相应工资后，以公司存在克扣工资行为及规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益为由提出被迫解除劳动合同，这时公司将面临着向员工支付解除劳动合同的经济补偿金的法律风险。

综上，对于员工手册上的旷工一天扣三天工资都是不合理的。即使是合理的也存在较大的风险，所以对于这个规定，不管是对于公司还是员工都是有一定的坏处。作为公司更多的应该员工公司双兼顾，这样不仅可以避免法律风险，还可以留住员工的心。