依法申请劳动仲裁、出庭期间从事的活动应视为社会活动，单位不应扣发员工的工资，也不算旷工。根据劳动法相关法律法规，劳动者在法定工作时间内依法参加社会活动期间，用人单位要支付工资。

《劳动法》第45条规定，国家实行带薪年休假制度。劳动者连续工作1年以上的，享受带薪年休假。国务院出台的《职工带薪年休假条例》第3条、人力资源和社会保障部出台的《企业职工带薪年休假实施办法》第6条规定，职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天。职工依法享受的探亲假、婚丧假、产假等国家规定的假期不计入年休假。由此可知，将婚假扣作年休假的做法是违法的。

而《劳动法》第77条、第51条以及原劳动和社会保障部出台的《最低工资规定》第3条和原劳动部出台的《工资支付暂行规定》第10条规定，用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可依法申请调解、仲裁、提起诉讼。劳动者在法定工作时间内依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。

用人单位和劳动者发生以下劳动争议可以申请劳动仲裁：

1、因确认劳动关系发生的争议；

2、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

3、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

4、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

5、因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

6、法律、法规规定的其他劳动争议。