1、应正确理解关于加班工资的仲裁时效的法律规定。

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，对于加班工资适用特别仲裁时效，劳动者主张加班工资的时效从劳动关系解除或终止之日起计算，不从应发工资之日起计算。实践中认为加班工资适用2年诉讼时效的做法有误。如果劳动关系存续期间用人单位明确拒绝支付加班工资的，则加班工资申请仲裁时效从拒付之日起计算。

加班工资属于“劳动报酬”，适用特殊仲裁时效，劳动者在职期间或劳动关系终止后一年内提出加班工资的请求都是符合仲裁时效规定的。在劳动关系终止或解除一年之后，劳动者逾期提出加班工资主张的，才受到仲裁时效限制。

2、关于工资支付凭证保存期为两年的规定，不能简单地理解为限制劳动者主张加班工资的诉讼时效。

原劳动部《工资支付暂行规定》第六条规定，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。根据工资支付凭证保存期为两年的规定，用人单位在这一保存期限内负有保存义务。用人单位履行了保存工资凭证义务，仅表明用人单位完全履行了保存期限内工资凭证所证明的已支付相应劳动报酬这一事实。而在此两年期间之前或之后的工资支付义务(而不是保存义务)并不能当然免责。事实上，关于工资凭证在内的财务凭证，财政部1998年颁布的《会计档案管理办法》规定了至少3年最长25年的保管期限。

一、拒付加班工资属劳动争议吗

拒付加班工资属于劳动争议，可以直接申请劳动仲裁。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条

中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

(一)因确认劳动关系发生的争议；

(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

(六)法律、法规规定的其他劳动争议。