一般情况下，孩子父亲有乙肝的，要根据实际情况来决定是否可以变更孩子的抚养权。因为乙肝是具有传染性的疾病，不及时治疗会传染给家人。女方可以搜集证据来证明男方身患乙肝不适合跟孩子一起生活，并且向法院提起诉讼，提出更改抚养权。法院通常会按照有益于孩子的健康成长，维护孩子的权益为原则，作出判决。

协议离婚可以变更孩子抚养权吗？

可以。未成年人子女抚养归属的变更通常有两种情况，一是父母双方协议变更子女的直接抚养归属是一方要求变更子女的直接抚养归属。对于前一种情况，如果变更抚养归属有利于子女的健康成长和合法权益，则应准许双方的协议。

《中华人民共和国民法典》

第一千零八十四条父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。