公司停薪留职是不合法的。目前国家出台的关于停薪留职的规定的前提是员工个人申请，经企业批准后申请人才会停薪留职。同时企业停薪留职人员与用人单位依然是劳动关系，受《劳动法》的保护。如果说公司确实不景气的，是可以采取申请裁员的方法。

《劳动争议司法解释三》第八条企业停薪留职人员、未达到法定退休年龄的内退人员、下岗待岗人员以及企业经营性停产放长假人员，因与新的用人单位发生用工争议，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当按劳动关系处理。