在审判实务中，雇佣关系与运输合同关系存在以下几个方面的区别：

其一，两者的标的不同。雇佣活动是指从事雇方授权或指示范围内的生产经营活动或者其他劳务活动。雇佣关系的标的注重雇工无形的劳务给付，以供给劳务本身为目的，偏重于劳动者出卖劳动力的行为。而运输合同关系的标的物是货物或是旅客，其表现为物化的劳动成果，重在有形工作量的完成，以提供通过劳动产生的工作成果为目的。在雇佣活动中雇员所提供的是劳务，而在运输合同中承运人提供的是运送行为，承运人完成运送行为必须借助运输工具，否则运输行为便不能实现。

其二，两者取得报酬的方式不同。在雇佣关系中，雇员的报酬体现为工资，由于雇主与雇员之间的关系较为稳定、长期，具有一定的持续性，因此雇员取得报酬的方式也比较固定，呈周期性，通常按劳动时间来计算报酬，一般是按星期或月来结算。而运输合同中，承运人获取的报酬是运费，纯粹是按物化的劳动成果来计算报酬，通常按趟次、运量来结算，且多为一次性付清。

其三，两者主体之间的关系不同。在雇佣活动中，雇主有权对雇员的劳务活动进行监督，受雇人要受雇主指示的约束，双方之间存在着一种监督与被监督、管理与被管理的隶属关系，地位不平等的色彩较为强烈。但在运输合同中，托运人无权对承运人的运送行为进行监督，托运人追求的结果是货物能够按期安全抵达，承运人只需按时运送、按地点运送以及安全运送至目的地即完成合同义务，至于承运人采取何种运送方式，以及运送路线等，除托运人有特殊要求外，承运人有权自主选择。可见，在运输合同关系中，双方的法律地位是平等的，并不存在任何隶属、服从关系。